Pošto se JS ne kompajlira već se interpretira u nekom okruženju, najpoznatije u browserima, onda se i debagovanje čini na licu mesta. Doduše, u editorima možeš da imaš podršku za sintaksnu analizu, ali teško nešto više od toga.
Verujem da je najpoznatiji Firebug - ekstenzija za Firefox. Srećom pa postoji i neki dodatak za IE, no ne mogu sad da se setim naziva :-)