Upravo su podesavanja za Tomcat za Glassfish i ostale stvari pogledaj ovaj link
http://platform.xwiki.org/xwiki/bin/view/AdminGuide/Encoding
Takodje znam da se vrsi podesavanje u Glassfishu u sun-web.xml na sledeci nacin
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE sun-web-app PUBLIC "-//Sun Microsystems, Inc.//DTD Sun ONE Application Server 8.0 Servlet 2.4//EN" "
http://www.sun.com/software/su...ver/dtds/sun-web-app_2_4-0.dtd">
<sun-web-app>
<locale-charset-info default-locale="">
<locale-charset-map locale="" charset=""/>
<parameter-encoding default-charset="UTF-8"/>
</locale-charset-info>
</sun-web-app>
Probaj i ovo pa ces videti mada mislim da mozes UTF-8 u Glassfish-u podesiti kroz admin konzolu
Kada dodajes kod u catalina.bat moras da pazis gde ga stavljas -Dfile.encoding=UTF-8
jer on konfigurise podesavanja java vm pogledaj ceo fajl pa ces naci deo koji se odnosi na to.