Zgrada biblioteke na Kosančićevom vencu pogođena je 6. aprila 1941 zapaljivim bombana. prilikom nemačkog bombardovanja Beograda i veliki deo knjižnog fonda je tada uništen. Uništen je knjižni fond od oko 500000 svezaka, kao i zbirka od 1424 ćirilična rukopisa i povelje (12-17 vek), kartografska i grafička zbirka od 1500 brojeva, zbirke od 4000 naslova časopisa i 1800 naslova novina, zatim značajna i nedovoljno proučena zbirka turskih dokumenata o Srbiji, inkunabule i stare štampane knjige i celokupna prepiska značajnih ličnosti iz kulture i političke istorije Srbije i Jugoslavije. Osim toga nestali su svi inventari i katalozi. Iz stare zbirke rukopisa sačuvao se samo jedan rukopis koji je u tom trenutku bio van biblioteke.[5] Neki od rukopisa koje se čuvaju ili su čuvani u Narodnoj biblioteci su: Letopis Popa Dukljanina (beogradski rukopis), Nikoljsko jevanđelje, Minhenski psaltir, Ćirilični Rampacetov bukvar, iz 1597. godine i drugi. Najstariji rukopis je Beogradski parimejnik iz 13. veka.
Tom prilikom u požaru su nestale i stare štampane knjige (počev od 15. veka), među kojima su pojedine neprocenjive vrednosti, brojne mape, gravire, originalna muzička dela, takođe dragocena stara štampa i periodične publikacije.
Između ostalog, ona je čuvala i mnogobrojne biblioteke-ostavštine velikana srpske kulture i istorije, poput biblioteke Lukijana Mušickog, Vuka Karadžića, Đure Daničića, Pavela Šafarika…

Zgrada Biblioteke pre bombardovanja.

Nestajanje Biblioteke

Grob Srpke prošlosti

Dokaz vekovnog postojanja je pepeo
Nikad više u Dotmarket